Het zingen in koorverband is op het vroegere eiland Urk een oude traditie. Al op 26 januari 1897 richtte een groep vissers onder de naam 'Oefening kweekt Kunst' het eerste mannen-koor op. Onder leiding van een amateurdirigent kwamen de mannen 's zondagsmiddags bij elkaar. Ze zongen dan vierstemmige psalmen en liederen uit de vroeg negentiende-eeuwse bundel van Johannes Hazeu. Na enkele jaren werd de naam van het koor veranderd in "Hallelujah", wat beter past bij de boodschap die de zangers willen uitdragen. Hallelujah betekent: Looft den Heere.

Door de inpoldering van de Zuiderzee kwam Urk in 1939 aan het vasteland te liggen. Het isolement van de eilanders werd pas echt verbroken, toen een kleine tien jaar later de eerste weg naar 'de wal' voor het verkeer werd opengesteld. "Hallelujah" ging concerten buiten Urk geven. Ook het repertoire breidde zich uit. De directie kwam in professionele handen.

In de jaren vijftig en zestig kreeg Het Urker Mannenkoor grote bekendheid met zijn vertolking van het christelijke lied. Dirigent was in die tijd de Urker musicus Frits Bode. Onder zijn leiding maakte het koor de eerste platen, die bij tienduizenden werden verkocht. Na Bode waren onder meer Simon Pluister en Alle Roodbergen dirigent. In 1984 kreeg de bekende organist en dirigent Willem Hendrik Zwart de muzikale leiding. Later werd hij opgevolgd door zijn zoon Jan Quintus Zwart.

Onder vader en zoon Zwart beleefde het koor een nieuwe bloeiperiode. In een kleine twintig jaar tijd gaf "Hallelujah" zo'n driehonderd optredens in binnen- en buitenland. Dat gebeurde op allerlei locaties, van eenvoudige dorpskerken tot beroemde concertzalen. Tussendoor maakte het koor twee platen en tien compact discs.

In 2003 werd de musicus Bert Moll uit Lelystad dirigent van Het Urker Mannenkoor "Hallelujah". Onder zijn leiding vond in 2004 de eerste DVD-opname plaats, die inmiddels door verschillende andere is gevolgd. Een nieuwe traditie werden de jaarlijkse kerstconcerten in het Utrechtse muziekcentrum Vredenburg. Elk jaar werkt het koor een druk concertprogramma af. In het seizoen 2010-2011 vierde het koor op grootse wijze het honderdjarig bestaan. Lange tijd werd namelijk 1910 als oprichtingsjaar beschouwd. Uit de beginjaren waren weinig gegevens bekend, omdat het oud-archief in de Tweede Wereldoorlog verloren was gegaan. Pas onlangs kon worden aangetoond dat het koor al in 1897 werd opgericht.

Vanwege de grote verdiensten voor de christelijke koormuziek werd het koor bij de viering van het eeuwfeest op 30 oktober 2010 onderscheiden met de Koninklijke Erepenning. Prof.mr. Pieter van Vollenhoven was daarbij aanwezig. Begin 2011 zond de VPRO de spraakmakende televisiedocumentaire 'Tussen storm en stilte' uit. In deze anderhalf uur durende film legde regisseur Kees Brouwer op ontroerende wijze de persoonlijke levensverhalen van een aantal zangers vast en verweefde die met een portret van het Urker Mannenkoor.